高新区采用完全分流制排水系统，分别建有污水排水系统和雨水排水系统。污水先排至西部污水处理厂，集中处理后排放。雨水排水自成体系，首先通过南北主干渠汇集，再通过雨水泵站提升排入防洪河内。